研究表明空氣、水、土壤等環(huán)境中都存在一定種類和數(shù)量的致病性細(xì)菌和病毒等，這些致病微生物與某些重要的傳染性疾病的傳播和流行密切相關(guān)。例如1988年我國上海市的甲肝大流行，證明與水源污染有關(guān)，因此定期性的檢測環(huán)境中致病菌的動(dòng)態(tài)（種類、數(shù)量、變化趨勢等）具有重要的意義。以前大多采用分離培養(yǎng)的方法進(jìn)行檢測，不僅費(fèi)時(shí)（種類、數(shù)量、變化趨勢等），而且無法檢測一些人工難以培養(yǎng)的病原菌，PCR技術(shù)進(jìn)行檢測則克服了上述缺陷，一般僅需2-4h就能完成。

隨著PCR技術(shù)的不斷發(fā)展與完善，PCR技術(shù)在環(huán)境微生物學(xué)中也得到了廣泛的應(yīng)用，有關(guān)這方面的文獻(xiàn)報(bào)道日益增多。PCR技術(shù)創(chuàng)立之初，各國環(huán)境微生物學(xué)工作者即開始應(yīng)用該技術(shù)、檢測環(huán)境中的特定微生物類群或基因型。近年來隨著PCR技術(shù)本身的發(fā)展，其特異性和靈敏度不斷提高、各國環(huán)境微生物學(xué)工作考研究的重點(diǎn)主要集中于以下2個(gè)方面：1. 應(yīng)用PCR技術(shù)研究某一特定環(huán)境中微生物區(qū)系的組成、結(jié)構(gòu)，并進(jìn)而了解其種群動(dòng)態(tài)；2. 應(yīng)用PCR技術(shù)監(jiān)測環(huán)境中特定種群（如致病菌、工程菌株）的動(dòng)態(tài)。